Az Iseum kivitelezésére kiírt közbeszerzési pályázatra három érvényes ajánlat érkezett. A közbeszerzési bizottság, majd a közgyűlés is a legkedvezőbb árat kínáló ZÁÉV Zrt. pályázatát hirdette ki győztesnek. Az egyik pályázó azonban jogorvoslattal élt a döntés ellen. A kifogás lényege az volt, hogy a múzeumépület hűtés-fűtés költségvetése hiányzott a meghirdetett pályázatból. Az 1,3 milliárd forintos beruházás esetében ugyan elhanyagolható, milliós nagyságrendű tételről volt szó, a Fejlesztési Ügynökség mégis megvonta a támogatás egy részét az Európai Bizottság ajánlása alapján. A döntés azt jelentette, hogy 91 millió forinttal csökkent a beruházásra adott uniós támogatás összege, amelyet Szombathely költségvetéséből kellett volna kipótolni. A város vezetése egy kérelmet nyújtott be az illetékes miniszterhez és a fejlesztési ügynökséghez a büntetés csökentése érdekében. Az felújított Iseumot eredetileg 2010 júniusában kellett volna átadni, később ezt a dátumot decemberre módosították. A kivitelezőnek azonban erre az időpontra sem sikerült végezni a munkával, így várhatóan csak ez év közepétől lesz látogatható az Iseum.
