Az Alkotmánybíróság soron kívül megvizsgálta az indítványt, és megállapította, hogy az új felsőoktatási törvény Mádl Ferenc által kifogásolt rendelkezései sértik a tanszabadságnak, a tudományos élet szabadságának, illetve a felsőoktatási intézmények autonómiájának alkotmányban rögzített jogát.
A törvény ugyanis több olyan kérdést az újonnan létrehozandó irányító testületek hatáskörébe utal, amelyek a felsőoktatási intézményeken belül a tudomány kérdéseit közvetlenül érintik. A korábbi államfő alkotmányellenesnek találta azokat a szabályokat is, amelyek a kormányt hatalmazzák fel azoknak a tudományágaknak a meghatározására, amelyekben doktori képzés folyhat. Kifogásolta még, hogy a törvény az oktatási miniszter bizonyos fenntartói döntéseivel szemben nem biztosítja a bírósághoz fordulás jogát a felsőoktatási intézmények számára.
