Almásfüzitő és Esztergom között a személyvonatok helyett autóbuszokkal kell utazni. A Budapest-Győr, Szerencs-Sátoraljaújhely, Baja-Pörböly vonalon - a Duna és a Bodrog magas vízállása miatt - a vonatok sebesség-korlátozással közlekedhetnek. A térségben a közúti forgalom is akadályokba ütközik, ezért a Volán-bérletek a vonatokra érvényesek. A biztonságos közlekedés érdekében Komárom és Almásfüzitő között óránként húsz kilométeres sebességre korlátozták a vonatok sebességét. Ezen a szakaszon a szerelvények csak az egyik vágányt használhatják, a másik pályán április 1-jétől folyamatosan szállítják a helyszínre a vasúti töltés megerősítéséhez és a védekezéshez szükséges homokzsákot és zúzottkövet. A Budapest-Komárom-Győr vasútvonal menetrendjében korlátozásokat vezettek be hétfő délután négy órától. 
A vasúti közlekedés fenntartása és a létesítmények állagmegóvása érdekében a MÁV már három héttel ezelőtt árvízvédelmi operatív bizottságot hozott létre. A bizottság intézkedési tervet dolgoz ki a várható következmények csökkentésére, feladata az állami katasztrófavédelmi, vízügyi szervekkel és a meteorológiai szolgálattal való kapcsolattartás, az előrejelzések beszerzése, értékelése, amely alapján javaslatot tesz a szükséges vasúti intézkedésekre.
A Budapest-Komárom-Győr vonalon a belföldi és nemzetközi IC, EC vonatok változatlan menetrend szerint, de késéssel közlekednek. Az IC-pótjegyeket ebben az esetben nem térítik vissza. Az erre közlekedő belföldi gyorsvonatok - a menetrendtől eltérően - megállnak Almásfüzitőn, Almásfüzitő-felsőn és Szőnynél, emiatt menetidejük hosszabb. Az EU-regiós vonatok Tatabánya helyett csak Komáromig közlekednek, s onnan indulnak vissza Bécs felé.
Almásfüzitő és Esztergom között is fokozott felügyeletet tart a MÁV március 30-tól. Április 1-jén 12 órától Almásfüzitő és Tokod között a magas vízállás miatt a vonalat lezárták a forgalom elől, Neszmély után víz alá került a vasúti pályatest is. A vasúti szakaszon lévő hidakra egy-egy zúzottkővel rakott kocsit állítottak.
