Kisebbségi önkormányzati választásra abban az esetben kerül sor, ha az adott kisebbség települési választói jegyzékében legalább 30 választópolgár került felvételre. A voksolást a Helyi Választási Bizottság írja ki, az önkormányzati képviselők és polgármesterek választásával azonos időpontra.
A kisebbségi önkormányzati választáson, képviselőjelöltként az a választópolgár indulhat, aki szerepel bármelyik település kisebbségi választói jegyzékében. Független jelölt indulására nincs lehetőség. Jelöltet csak olyan, társadalmi szervezet indíthat, amelynek alapszabályban rögzített célja az adott kisebbség képviselete, és a társadalmi szervezetet a bíróság 2005. november 25. előtt jegyezte be.
A kisebbségi önkormányzat 5 tagú. A szavazást akkor lehet megtartani, ha legalább 5 jelölt állítására került sor. Szombathelyen a végleges adatok szerint 458-an kerültek a választói jegyzékbe. Eszerint 219 horvát, 99 cigány, 74 szlovén, 66 német választópolgár került a listára, akik a kisebbségi szavazáson voksaikat csak a lakóhelyükön adhatják le a listás szavazáshoz hasonló módon.
