A törvény értelmében a 2006-os kisebbségi önkormányzati választáson csupán azok adhatták le voksaikat a képviselőjelöltekre, akik előzőleg regisztráltatták magukat a kisebbségi választói névjegyzékbe. Szombathelyen összesen 36-an mérették meg magukat. Négy nemzetiség: a cigányok, a horvátok, a németek és szlovének állítottak jelölteket. A kisebbségi képviselőválasztás helyszíne az Okmányiroda volt, ahol jelentősebb incidens nélkül zajlott a szavazás. Némi fennakakdást az okozott, hogy olyanok is voksolni akartak, akik nem szerepeltek a névjegyzékben.
A kisebbségi önkormányzati választáson a Hátrányos Helyzetű Roma Fiatalokat Támogató Egyesület, és a Magyarorzági Cigányok Független Érdekvédelmi Szövetség színeiben induló 12 cigány képviselőjelöltre adhatták le szavazataikat a választópolgárok. A horvátoknál 13 jelölt indult, valamennyien a Magyarországi Horvátok Szövetségének tagjai. A Vas-zalai Német Önkormányzatok Szövetségének jelöltjeként hatan indultak a Német Kisebbségi Önkormányzat 5 képviselőhelyéért. A Szlovén Kisebbségi Önkormányzati választáson 5 képviselőjelölt indult és mind az öten megkapták a szükséges számú szavazatot.
Kisebbségi képviselők
Cigány
Horváth Péter HÁROFIT 10,04%
Forgács Károly HÁROFIT 12,55%
Orsós Ferenc HÁROFIT 9,21%
Forgács Károlyné HÁROFIT 12,55%
Vajda Rudolf MCFÉSZ 10,46%
Horvát
Horváth Jánosné MHSZ 11,5%
Jurasits Ferenc MHSZ 9,7%
Kalmár Istvánné MHSZ 10,25%
Horváth Gyula Vladimir MHSZ 10,94%
Skrapits László MHSZ 12,47%
Német
Krancz Friderika VZNÖSZ 16,08%
Dr. Wenczl Miklós VZNÖSZ 20,28%
Zielbauer György VZNÖSZ 20,28%
Dr. Scheid Sándor VZNÖSZ 13,99%
Friedl Tamás VZNÖSZ 17,48%
Szlovén
Mukicsné Kozár Mária SZSZ 20,45%
Gyécsek Ferenc SZSZ 20,45%
Cser Rudolf SZSZ 20,83%
Merkli Péter László SZSZ 19,32%
Braunstein Anna SZSZ 18,94
